En ocasión de realizarse la Cumbre de APEC en Corea (18 de noviembre de 2005), Chile y Japón iniciaron las conversaciones para suscribir un acuerdo de libre comercio de última generación. Esta coincidencia de objetivos no fue fruto de la improvisación, sino que resultó del análisis de factibilidad efectuado por un Grupo de Estudios Conjunto, cuyas conclusiones fueron elaboradas luego de varios encuentros llevados a cabo durante el mismo año 2005. Las tratativas insumieron cinco rondas hasta que la Presidente de Chile y el Primer Ministro de Japón, en una nueva Cumbre de APEC efectuada en noviembre del año 2006 anunciaron la exitosa culminación de dichas negociaciones. El 27 de marzo de 2007 los cancilleres de ambos países firmaron el Tratado en la ciudad de Tokio.
El texto exhibe un extremo cuidado terminológico, destacándose por la claridad y precisión conceptual. Abarca la diversidad de materias reguladas en acuerdos de libre comercio de última generación, alcanzando notable minuciosidad las regulaciones contenidas en capítulos como los relativos a la inversión, comercio transfronterizo de servicios, contratación pública y propiedad intelectual. La preocupación por garantizar los derechos de los agentes económicos interesados en aprovechar el mercado ampliado, se pone de relieve en las disciplinas sobre transparencia (tendientes a proteger derechos de propiedad intelectual, procedimientos aduaneros y a enmarcar las acciones estatales en materia de política de competencia). La misma preocupación es reflejada por la regulación de las salvaguardias bilaterales, así como en la exposición de las causas para la aplicación de eventuales restricciones de pagos internacionales y al establecerse los procedimientos de arbitraje y protección jurisdiccional dentro del capítulo de inversiones.