El 24 de setiembre de 2001, en el marco de la IX Reunión del Comité de Negociaciones Comerciales del ALCA, se realizó una reunión entre: Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras y Nicaragua y los Estados Unidos con el objetivo de discutir posibles medios para profundizar las relaciones bilaterales de comercio e inversión. El 27 de noviembre, se iniciaron discusiones de carácter técnico dentro del marco de la fase exploratoria designada como "Diálogo de Política Comercial CA-USA”. El lanzamiento oficial de las negociaciones del tratado de libre comercio entre Centroamérica  y los Estados Unidos (CAFTA, por sus siglas en inglés) se llevó a cabo el 8 de enero de 2003, en la ciudad de Washington, D.C.
En esa oportunidad, los ministros de comercio de Centroamérica y el Representante Comercial de los Estados Unidos definieron el marco general de las negociaciones y un cronograma de nueve reuniones a realizarse durante 2003. Se acordó formar cinco grupos de negociación: acceso a mercados,  servicios e inversiones, compras del sector público y propiedad intelectual, asuntos laborales y ambientales, y temas institucionales y de solución de controversias.  Asimismo, se constituyó un grupo responsable de la asistencia técnica que se reuniría paralelamente a los grupos de trabajo a lo largo del proceso de negociación.  También se creó  un grupo de trabajo sobre medidas sanitarias y fitosanitarias. Las negociaciones entre Estados Unidos y cuatro de los países centroamericanos concluyeron el 17 de diciembre de 2003. Costa Rica y Estados Unidos decidieron continuar discutiendo una serie de temas pendientes de definición, entre ellos, telecomunicaciones, servicios, seguros, textiles y algunos temas relacionados con agricultura. Finalmente, el 25 de enero de 2004, Costa Rica y Estados Unidos alcanzaron un acuerdo en todos los temas pendientes.
El 28 de enero de 2004, se hizo público el borrador de texto del tratado de libre comercio CAFTA. Algunos meses después, en marzo de 2004, se dieron a conocer varias cartas adjuntas en temas relacionados con agricultura, medioambiente, servicios financieros, inversión, servicios e inversión, telecomunicaciones y textiles. Estas cartas, si bien fueron negociadas en el contexto del proceso de negociación y están relacionadas con el acuerdo, no forman parte del mismo. El 20 de febrero de 2004, el Presidente de Estados Unidos notificó al Congreso su intención de firmar un tratado de libre comercio con Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras y Nicaragua.

Se llevaron a cabo siete talleres técnicos durante la fase preparatoria del proceso de las negociaciones. El lanzamiento oficial de las mismas fue 8 de enero de 2003, en la ciudad de Washington, D.C. El Consejo sobre Comercio e Inversión de Estados Unidos y República Dominicana se reunió en octubre de 2002 para analizar la posible adhesión de la República Dominicana a las negociaciones del acuerdo CAFTA. En noviembre de 2003, los Estados Unidos anunciaron la eventual incorporación de República Dominicana al proceso. El 12 de enero de 2004, los Estados Unidos y la República Dominicana iniciaron formalmente la primera de tres rondas de negociaciones. Las negociaciones concluyeron el 15 de marzo de 2004. Los países centroamericanos y la República Dominicana, quienes ya contaban con un tratado de libre comercio firmado en 1998, continuaron negociando algunos temas. El tratado de libre comercio República Dominicana-Centroamérica-Estados Unidos (CAFTA-DR, por sus siglas en inglés) se firmó el 5 de agosto de 2004 en Washington, D.C., mismo día en que se publicó el texto final del acuerdo.