El Acuerdo de Alcance Parcial de Complementación Económica número cuarenta fue celebrado el 27 de agosto de 1999, dos días después del ingreso de Cuba a la ALADI. Pero entró en vigor recién dos años después, el 28 de agosto de 2001. Luego de distintas modificaciones, el Tercer Protocolo Adicional, firmado el 13 de noviembre de 2007 y en vigencia desde el 25 de febrero de 2009, consolidó y ordenó los textos normativos. Así fueron incorporadas seis resoluciones dictadas por la Comisión Administradora del Acuerdo durante tres reuniones efectuadas en el curso de los años 2005 y 2006.
Al examinar el referido Tercer Protocolo, queda en evidencia el carácter preferencial del vínculo bilateral en tanto prevé una reducción porcentual de los gravámenes que ambas Partes aplican a sus importaciones desde terceros países bajo el trato de la cláusula de la nación más favorecida. Al igual que en otros Acuerdos similares, las Partes quedan obligadas a no adoptar ni mantener prohibiciones ni restricciones no arancelarias a la importación de los productos incluidos en los anexos que registran aquellas preferencias arancelarias, con excepción de las medidas amparadas por el artículo 50 del Tratado de Montevideo 1980 y el artículo XX del GATT.
El Acuerdo incluye un Reglamento sobre normas de origen que comprende disposiciones sobre certificación y verificación. Prevé la adopción de medidas de salvaguardias bilaterales de carácter arancelario y de corta duración (a lo sumo por un año susceptible de prórroga por otro año más). Está prevista la futura suscripción de protocolos adicionales con respecto a distintas materias: comercio de servicios; transporte; propiedad intelectual; y convenios para evitar la doble tributación. Asimismo, se declara el compromiso de impulsar la inversión de los nacionales de ambos países mediante la suscripción de un tratado bilateral de promoción y protección de inversiones. Un anexo contiene regulaciones acerca de normas, reglamentos técnicos y procedimientos de evaluación de la conformidad. Y otro anexo incorpora el régimen de solución de controversias.